南國人文研究中心有行政管理和學術研究兩個團隊。前者相對穩定，後者則是動態的、流動的，由不同時期的研究課題決定。
目前的行政管理團隊主要成員是研究中心主任朱壽桐教授、副主任龔剛教授、中心主任助理王思豪副教授。為使研究中心的各項工作順利展開，特聘請徐杰教授擔任顧問，鄧駿捷教授、鄭寧人博士擔任兼職研究員。另外聘請相關領域院外以至校外學者、專家擔任客座研究員。
學術研究團隊取决於不同時期的課題。澳門大學人文學院內部各學術人員在語言、文學、歷史、哲學及相關的學術研究課題，只要其主持人同意接受本中心的協調，即可列入本中心的學術課題系列。該課題的主持人亦在課題進行之時間段內自動成為本中心的研究員。
